Een jaar na de eerste missie naar Abydos activeert de Stargate op Aarde uit zichzelf. Een vijand genaamd Apophis en zijn trouwe Jaffa ontvoeren een personeelslid van Cheyenne Mountain. Een team geleid door kolonel Jack O'Neill onderzoekt de zaak en hij wordt herenigd met Dr. Daniel Jackson op Abydos, waar Apophis ook arriveert. Hij ontvoert Skaara en Sha're, Daniel's vrouw. Het team ontdekt dat Apophis van Chulak kwam en gaan erheen om hun vermiste kameraden te redden.
Terwijl Stargate Commando en het leger besluiten wat er met Teal'c moet gebeuren neemt een bijna volwassen Goa'uld Majoor Charles Kawalsky langzaam over. Omdat hij nog maar weinig tijd te gaan heeft is de enige manier om hem te redden een gevaarlijke operatie.
Op de vreedzame planeet Simarka komt SG-1 een Mongool-achtige maatschappij tegen waar vrouwen geen rechten hebben. Het loopt mis wanneer het team ontdekt dat Kapitein Samantha Carter ontvoerd is en wordt verkocht aan een vijandige stam, geleid door Turghan.
Tijdens een bezoek aan P3X-797 ontdekt SG-1 de Touched, een ras van mensen die geïnfecteerd zijn met een ziekte die hen in beestachtige wezens veranderd. SG-1 brengt de ziekte per ongeluk met hen mee naar Aarde, waar het zich snel verspreidt over de SGC. De enige manier om hen te genezen is een bloedmonster van de Untouched, die geloven dat de ziekte een vloek is.
SG-1 gaat op een missie om SG-9, die vermist zijn op Avnil, terug te halen. Het team ontdekt al snel dat de leider van SG-9, Kapitein Jonas Hanson, doet alsof hij een god is tegenover de inwoners van de planeet, die hem beschermen. Hij moet gestopt worden.
Tijdens een zoektocht op een gele woestijn planeet gevuld met blauwe kristallen raakt Kolonel Jack O'Neill per ongeluk een van de kristallen aan, waardoor hij buiten westen raakt. Een kloon van hem wordt gemaakt om de Tau'ri te onderzoeken en hij keert terug naar Aarde, waar hij in Jack's verleden begint te wroeten, waardoor hij al snel een bedreiging wordt voor de maatschappij.
Als er meer druk uitgeoefend wordt op Stargate Command om meer geavanceerde technologie mee te nemen van hun missies reist SG-1 naar de planeet Gaia om een wezen te vangen dat in staat lijkt te zijn zichzelf onzichtbaar te maken. Als Apophis en zijn Jaffa hen vinden worden zij gedood, maar ze worden op wonderlijke wijze weer tot leven gebracht door de Nox, een ras van wezens die zich niet willen bemoeien met hun huidige affaires, en dan vooral het vangen van Apophis.
Tijdens een bezoek aan de planeet Argos ontdekt SG-1 dat een Goa'uld, Pelops, de Argosians zo heeft gemaakt dat ze maar honderd dagen leven. Kolonel Jack O'Neill wordt besmet met de nanites die de snelle veroudering veroorzaken en wordt elke dag ouder, terwijl het team probeert het proces te stoppen voor het te laat is.
Tijdens het verkennen van Cimmeria worden Teal'c en Jack O'Neill naar een doolhof getransporteerd waar Goa'uld sterven als ze proberen te ontsnappen, waardoor de gastheer vrij zou zijn. De twee proberen toch een uitweg te vinden, maar ze komen een ongewenste gast tegen. Ondertussen werken Daniel Jackson en Samantha Carter met Kendra om het doolhof van buitenaf te bereiken.
